摘要
昆虫是地球上多样性最丰富的动物类群，在生态系统、农业和人类健康中发挥着关键作用。高质量基因组和各类多组学数据集的快速积累，为推进昆虫生物学与进化研究提供了前所未有的机遇，但也带来了数据整合、可及性和复用性等挑战。为满足这些需求，开发了升级版本 InsectBase 3.0（网址：www.insect-genome.com），该平台整合了海量昆虫多组学数据，并提供用户友好的分析工具。InsectBase 3.0 覆盖 24 个昆虫目共 3,020 个物种，包含 1,651 个染色体级基因组组装和 61,353 个经人工注释的转录组。此外，新版本新增了大规模蛋白质结构数据集（474,300 个预测模型和 381 个实验测定条目）、基因组重测序与变异资源、人工整理的转座子文库以及 3D 形态重建数据。为整合这些异质性资源，InsectBase 3.0 引入了以 “物种” 和 “基因” 为核心的知识图谱，帮助用户更直观地探索跨数据集关联。同时，平台的 Web 框架已全面升级，提升了数据处理效率、交互性和可视化效果。这些更新使 InsectBase 3.0 成为目前最全面的开源昆虫多组学平台，为昆虫的进化研究、功能研究和应用研究提供了宝贵资源。
InsectBase 3.0的核心更新
图1InsectBase 3.0 的数据扩展与整理
（A）InsectBase 3.0 主要模块的数据汇总；
（B）InsectBase 3.0 中昆虫基因组的分类学分布；
（C）经元数据注释的转录组样本分布。
表1InsectBase 3.0 数据汇总表
注：对比 v1.0、v2.0 与 v3.0 的核心数据规模及增长倍数
图2InsectBase 3.0 增强的用户界面功能与数据查询流程
展示 17 个数据模块、一站式搜索功能及知识图谱关联逻辑
案例研究：褐飞虱 sine oculis 同源框（SIX）基因家族与飞行能力的关联
图3案例研究：褐飞虱 SIX 基因家族与飞行能力的关联
（A）SIX 基因家族在不同昆虫物种中的分布；
（B）基因组浏览器展示褐飞虱 SIX1 基因（Nlug008426.1）的基因组定位；
（C）褐飞虱与灰飞虱的染色体共线性分析；
（D）褐飞虱 SIX1 基因的预测蛋白质结构；
（E）SIX1 基因在褐飞虱不同组织中的差异表达水平；
（F）褐飞虱的 3D 显微 CT 图像。
详细结果
思维导图（mindmap 脑图）
数据规模与质量升级（3代版本数据对比）
参考
Nucleic Acids Res. 2025 Nov 20:gkaf1248. doi: 10.1093/nar/gkaf1248. InsectBase 3.0: a comprehensive multi-omics resource for insects
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