卡培他滨的不良反应谱与氟嘧啶类药物一致，最具特征性的剂量限制性毒性为手足综合征（掌跖红肿感觉异常，HFS），文献统计单药治疗中发生率 29%–73%，2–3 级手足综合征可引发疼痛、脱皮、水疱，是导致减量、中断治疗最常见原因；其余高发不良反应包括腹泻、恶心呕吐、高胆红素血症、乏力、腹痛，相比静脉 5-FU 方案，手足综合征风险更高，但 3–4 级骨髓抑制发生率更低，这是两类方案不良反应的重要差异点。
说明书中明确毒性分级管理逻辑：出现 2 级腹泻、2 级手足综合征，可先暂停给药，症状恢复至 0–1 级后下调剂量重启；发生 3 级及以上毒性时，立即停药，由医生评估是否永久终止治疗。腹泻管理尤其关键，卡培他滨相关严重腹泻可快速引发脱水、电解质紊乱，患者一旦出现每日≥4 次稀便、便血，需立刻联系主管医师，不可自行继续服药。
临床最危险的药物相互作用是与维生素 K 拮抗剂（华法林等）联用：即使患者既往抗凝剂量稳定，联用卡培他滨后，凝血指标 PT/INR 可显著升高，出现出血甚至致死性出血事件，无论有无肝转移，均需要增加 INR 监测频次，及时调整抗凝药剂量，该风险同样写入黑框警告。其他需要警惕的合并用药包括苯妥英，卡培他滨可升高苯妥英血药浓度，需监测苯妥英水平；抗酸剂、亚叶酸钙等会改变氟嘧啶暴露，联用需专科评估。不建议患者自行添加其他抗肿瘤、保肝、中药制剂，避免叠加毒性或干扰代谢通路。
