做 CT 重建的同学大概都踩过这几个坑:想找稀疏视角或低剂量方向的代表作,搜出来一堆二手解读;想复现一篇论文,发现它用的数据集只有图像域、根本没有原始投影;想选个投影算子库,TIGRE、ASTRA、torch-radon 各说各的好。
我一直在整理 CT 重建方向的资料,最近把它做成了一个开源列表和网站:Awesome Computed Tomography。这篇文章不只是介绍项目,也把整理过程中总结的一些选型经验分享出来,希望对入门和做课题的同学有用。
项目地址:https://github.com/cslht11/awesome-computed-tomography
网站(支持搜索,有中文版):https://computedtomography.org/
一、收录了什么
目前收录 392 篇论文(时间跨度 1917–2026),其中 84% 为同行评审发表,另有 44 个工具包、41 个数据集、19 个基准与挑战赛。覆盖 CT、CBCT 和显微 CT。
论文按方向分为 17 类,括号内为篇数:
- 综述与回顾(23)
- 经典与迭代重建(68)
- 稀疏视角 CT(136)
- 有限角层析(44)
- 低剂量 CT 去噪(58)
- 金属伪影校正(21)
- 能谱与双能 CT(18)
- 锥束 CT(66)
- 动态与 4D CT(21)
- 散射校正(11)
- 几何标定与运动补偿(25)
- 深度展开与基于模型的学习(68)
- 自监督与免训练方法(32)
- 扩散与生成式先验(55)
- 隐式神经表示(24)
- 高斯溅射(24)
- 其他主题(29)
一篇论文可以同时属于多个方向,所以各类之和大于总数。
每条论文都标注了出处和年份,每个链接都对照 Crossref、arXiv 或出版方记录逐条核验过。预印本会单独标出,不会和正式发表混在一起。
二、刚入门,建议这样读
如果你刚进组、方向还没定,可以按这个顺序:
- 先读两三篇综述建立全局观。比如 Nature Machine Intelligence 2020 年的 Deep Learning for Tomographic Image Reconstruction,以及 TRPMS 2024 年的 A Review of Deep Learning CT Reconstruction From Incomplete Projection Data。
- 补经典方法:FBP、SART、TV 正则化这些是后面所有深度方法的对照基线,绕不过去。
- 再按课题进入具体方向。稀疏视角是列表里论文最多的方向(136 篇);扩散先验、隐式神经表示和高斯溅射则是近几年兴起的新方向。
三、工具包怎么选
44 个工具包里,做重建最常用的大概是这几个:
- TIGRE:GPU 加速的锥束和平行束工具箱,自带 FDK、SART、SIRT、CGLS 及 TV 变体,MATLAB 和 Python 都能用,上手快。
- ASTRA Toolbox:历史最久的研究型工具箱,投影几何和算法覆盖面广,很多论文拿它当参照基线。
- torch-radon:PyTorch 里的可微分 Radon 变换和 FBP,适合把投影算子嵌进网络端到端训练。
- DeepInverse:面向成像逆问题的 PyTorch 库,物理算子、学习型去噪器、展开网络和基准测试都有。
- LEAP:LLNL 出品,做三维透射 CT 的基于模型迭代重建,工程化程度高。
- TomoPy:同步辐射显微/纳米 CT 方向的参照工具箱。
我的经验是:做传统迭代或需要复杂几何,先用 TIGRE 或 ASTRA;要和深度网络联合训练,优先 torch-radon 或 DeepInverse;做同步辐射,直接 TomoPy。
四、选数据集前,先看清它是哪个域
这是整理过程中我觉得最值得说的一点。很多 CT 数据集只提供重建好的图像,没有原始投影。用这类数据做“重建”,本质上是在图像上自己仿真投影,无法检验你的方法在真实投影数据上的表现。
所以列表里每个数据集都标注了数据类型:
- 投影域 + 图像域:既有原始投影又有参考图像,可以端到端评估。例如 LoDoPaB-CT、Mayo Clinic 的 LDCT-and-Projection-data、2DeteCT。
- 仅投影域:只有原始数据,例如 Walnut-CBCT、Helsinki Tomography Challenge 2022。
- 仅图像域:只能做图像后处理,无法检验投影模型,例如 LIDC-IDRI、DeepLesion、CT-RATE。
几个常用数据集的细节也值得注意:
- LoDoPaB-CT 只有单一噪声水平(N0 = 4096),其他剂量需要自己重新仿真。
- LDCT-and-Projection-data 的降剂量投影是仿真的:头部和腹部为常规剂量的 25%,胸部为 10%。
- 2DeteCT 是 5,000 张真实采集的二维切片,有三个剂量水平,适合做真实数据上的可复现对比。
另外,每个数据集都标了许可,用之前要看清楚。比如 LDCT-and-Projection-data 的胸部和腹部数据目前为 CC BY 4.0,可商用但须署名引用;头部数据因可能重建出人脸,需要按 NIH 受控访问流程申请。
五、对比方法,用这些基准
19 个基准与挑战赛里,几个常用的:
- AAPM DL-Sparse-View CT Challenge(2021):二维乳腺 CT 仿真,128 视角理想无噪声扇束投影,提供 4000 组训练数据、100 例测试,按 RMSE 公开排名,是稀疏视角深度学习方法的常用参照。
- Helsinki Tomography Challenge 2022:真实测量的有限角数据。冠军是纯深度学习方案(在合成数据上训练),而唯一采用经典模型方法的 CIL 团队拿了季军,说明传统迭代方法在有限角任务上依然有竞争力。
- SPARE Challenge:胸部 4D 锥束 CT 重建,动态 CBCT 的参照基准。
- DeepInverse benchmark suite:统一的 PyTorch 基准框架,适合把新方法和强通用求解器放在一起比。
六、关于项目
- 网站和 README 由同一份结构化数据生成,中英文双语。
- 网站支持搜索,可按论文、工具包、数据集等栏目浏览。
- 内容采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可,引用的论文、数据集和工具请遵守各自的原始许可。
- 项目由我个人维护,不接受 PR。发现错误、遗漏或想推荐论文,欢迎提 issue,或发邮件到 heitieya@163.com。
如果这份资料对你有用,欢迎 star。更希望大家指出遗漏:你所在方向还有哪些值得收录的论文、工具或数据集?评论区告诉我,我会核验后补充进去。